ماده ۹۶ آیین نامه انضباطی نیروهای مسلح مقرر داشته است:

پرسنل نیروی انتظامی از نظر انضباطی تابع آیین نامه انضباطی نیروهای مسلح « مصوب فرماندهی کل قوا » می‌باشند .

ماده ۱۳۵ آیین نامه انضباطی نیروهای مسلح :

رسیدگی به تخلفات پرسنلی که فرمانده نیروی مربوطه برای آنان پیشنهاد محرومیت از ترفیع ، تنزیل درجه یا رتبه ، معافیت از خدمت یا اخراج از خدمت می‌دهد و هم چنین رسیدگی به شکایات پرسنل از رده های بالاتر در امور خدمتی قانون ارتشی و هیئت های مشابه در ستاد فرماندهی کل قوا ، سپاه و نیروی انتظامی به عمل می‌آید .

تبصره : ذی نفع نسبت به آرای قابل اجرای هر دو هیئت ( قانون ارتش و هیئت های مشابه در ستاد فرماندهی کل قوا ، سپاه و نیروی انتظامی ) می‌تواند به مراجع صالحه قضایی تظلم نماید.

اصل ۱۱۰ قانون اساسی : وظایف و اختیارات رهبر :

……………….. ۴ – فرماندهی کل نیروهای مسلح ………………… ۶ – نصب و عزل و قبول استعفا : ……………….. و – فرماندهان عالی نیروهای نظامی و انتظامی ………… .

اصل ۱۴۹ قانون اساسی : ترفیع درجه نظامیان و سلب آن به موجب قانون است .

با عنایت به مواد ذکر شده و سایر مقررات و آیین نامه های انضباطی نیروی انتظامی «ناجا» انجام دستورات مافوق در سلسه مراتب بین نیروهای انتظامی امری بدیهی است . از جهتی به موجب بند ب ماده ۳ قانون احیاء دادسرا ریاست و نظارت بر ضابطان دادگستری از حیث وظایف ضابطیت با دادستان است . از مجموع مطالب مذکوره مستفاد می شود که دادستان در عزل و نصب ، تشویق ، تنبیه نیروی تحت امر خود و تنزل درجه هیچ گونه اختیاری ندارد لذا نمی تواند به نحو شایسته بر انجام امور ضابطان نظارت نماید . مسأله زمانی بغرنج می شود که دو دستور متعارض از سوی دو مقام قضایی و انتظامی صادر گردد که عملاً این معضل به دفعات مشاهده گردیده است . در این تعارض اگر ضابط به اجرای دستور مقام قضایی قیام نکند به موجب ماده۲۰ قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری مرتکب جرم شده است . از جهتی سرپیچی از دستور مقام مافوق نیز ممنوع می‌باشد . حال تصور این فرض که نیرویی تحت امر کامل یک مقام باشد ولی آن مقام حق هیچ گونه اعمال قدرت ‌در مورد ضابطین را نداشته باشد و حتی تعویض و یا تشویق مأمور از ید اختیار او خارج باشد امری محال است که متأسفانه این محال در کشور ماوجود داشته و تبعات منفی آن گریبان گیر دستگاه قضا می‌باشد .

مسأله قابل ذکر دیگر جدا بودن تشکیلات نیروی انتظامی از دادگستری است که موجب شده تعداد بسیار کمی از پرسنل نیروی انتظامی تکالیف ضابطیت را انجام دهند و عملاً بسیاری از قسمت های ناجا خود را خارج از ضابطان دادگستری قلمداد می‌کنند . برای نمونه پرسنل راهنمایی و رانندگی را می توان نام برد که با وجود نیروی انتظامی قلمداد شدن و به تبع آن طبق بند اول ماده ۱۵ قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری جزء ضابطین دادگستری محسوب می‌گردند عملاً در هنگام صدور دستور از ناحیه ی دادستان مبنی بر دستگیری یک مجرم فراری نظیر سارق با بیان آن که فقط ‌در مورد تخلفات راهنمایی و رانندگی انجام وظیفه می‌کنند از اجرای دستور استنکاف می نمایند . بدین ترتیب نیروی انتظامی در میان پرسنل خود ضابطان را مشخص نموده است نظیر پرسنل شاغل در کلانتری ها و آگاهی و در مقیاس کمتری در حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی ، در این بین این محدودیت را حتی به درون این پرسنل نیز تعمیم داده است به گونه ای که حتی کل پرسنل کلانتری نیز وظیفه ی ضابطیت را به تمامی انجام نمی دهند .

‌در مورد مأمورین حفاظت و اطلاعات ناجا همواره بحث هایی در خصوص ضابط دادگستری محسوب گشتن و یا نبودن مطرح بوده است . در مجموعه نشست های قضایی نظرات زیر مطرح شده :

نظریه اکثریت : سازمان حفاظت اطلاعات ناجا مطابق قانون نیروی انتظامی ، سازمانی است مستقل که در کنار سازمان عقیدتی و سیاسی زیر نظر مستقیم رهبری انجام وظیفه می کند . مطابق قانون ناجا ، تمامی وظایفی را که سازمان حفاظت اطلاعات ارتش دارد این حفاظت نیز دارا می‌باشد پس با توجه به آن که اطلاق نیروی انتظامی به عنوان ضابط عام قوه قضائیه شامل سازمان حفاظت اطلاعات هم می شود و نیز با توجه ‌به این که در خصوص جرایم نیروهای مسلح وظیفه دارد که حتی در جرایم مشهود این نظامیان وارد شده و اقدامات لازم را انجام بدهد ، قوه قضائیه محسوب می شود .

نظریه اقلیت : سازمانی است مستقل از نیروی انتظامی و تصریحی بر ضابط بودن آن هم وجود ندارد.

نظریه کمیسیون : با توجه به ماده ۵ قانون ناجا مصوب ۶۹ سازمان حفاظت و اطلاعات ناجا سازمانی مستقل و متمرکز است که وظایف آن اجرای بند ۲۵ ماده ۴ قانون مذبور ( تلاش مداوم و مستمر در جهت حفظ و صیانت سازمان در زمینه‌های امنیتی ) می‌باشد . پس سازمان یاد شده از اطلاق بند « ۱ » ماده ۱۵ قانون آیین دادرسی دادگاه ی عمومی و انقلاب در امور کیفری مصوب ۱۳۷۸ خارج بوده و ضابط قوه قضائیه محسوب نمی شود مگر ‌در مورد جرایم امنیتی موضوع تبصره « ۱ » ماده ۵ قانون ناجا ناظر بر ماده ۱۶ قانون استخدامی ارتش که در محدوده وظایف و مأموریت های محوله قانونی با رعایت مقررات قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری ضابط تلقی می‌گردد .(سازمان قضایی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران،۱۳۸۵،۲۴)

با این توضیحات و در مجموع با اخذ این روش عملاً ناجا برخلاف وظیفه ی ذاتی خود و حکم قانون قدم بر می‌دارد ، در کنار آن اعطای اختیاراتی در عرض صلاحیت مراجع قضایی نیز باعث بروز مشکلات عدیده در انجام وظایف خصوصاًً در مرحله ی تحقیقات مقدماتی و اجرای حکم شده است لذا با تدوین مقرراتی کامل و جامع که صلابت دستگاه قضا و پرسنل وابسته به آن را در پی دارد ، در جهت اجرای صحیح عدالت قدم برداشته تا از تشتت آرای و عقاید مختلف در زمینه قضایی جلوگیری شود.

گفتار دوم -تعدد محاکم رسیدگی کننده به جرایم ضابطان دادگستری

نقش ضابطان دادگستری همواره بعد از وقوع جرم ظاهر می شود. در فاصله ی زمانی وقوع جرم و یا شروع به آن تا مرحله ی صدور حکم و اجرای کامل آن رابطه بین ضابطان دادگستری با مراجع قضایی برقرار می شود . ویژگی خاصی که در خصوص ارتکاب جرایم توسط ضابطین دادگستری به چشم می‌خورد آن است که مرتکب از نظر رابطه ی استخدامی عضویت نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران را دارا است و قانوناً نظامی محسوب می شود و از طرفی به تبع انجام و ظیفه در مقام ضابط دادگستری تحت امر مقام قضایی است . بنا به اصل یکصد و هفتاد و دوم قانون اساسی که بیان می‌دارد : برای رسیدگی به جرایم مربوطه به وظایف خاص نظامی یا انتظامی اعضای ارتش ، ژاندارمری ، شهربانی و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ، ضابط دادگستری مرتکب شوند در محاکم عمومی رسیدگی می شود .

تبصره ۲ ماده ۱ قانون دادرسی نیروهای مسلح مصوب ۱۳۶۴ : جرایمی که در مقام ضابط دادگستری مرتکب شده باشند در محاکم عمومی رسدیگی می شود .